Ash, Dawn a Brock se dostávají do tajemné destinace někde v údolí mezi horami. Toto místo je známé tím, že se zde objevuje často Giratina, která prostupuje portály ze skutečného a Opačného světa. Nyní si na ní ale udělal zálusk zlý Zero, který se chce stát králem Giratininého světa a očistit jej před výpary, které se sem dostávají ze světa lidí a pokémonů. Dokáže se Zero stát králem Opačného světa a získat schopnosti Giratiny? A co Rakeťáci, jakou budou mít roli zde?
Příběh začíná tím, že malý pokémon Shaymin našel jezero, ze kterého se vynořila Dialga. Dialga tam ale není sama. Náhle se vynoří Giratina, která vtáhne Dialgu spolu se Shayminem do Opačného světa. Shaymin při boji Dialgy s Giratinou absorbuje do sebe všechen kouř, jež se vytvořil během zápasu a pak se pomocí Semínkové záře dostane z Opačného světa ven. Dialga použije nějaký druh Hyper paprsku na Giratinu a uteče z jejího světa taky. Exploze způsobila poškození prostoru a času, čímž znepřístupnila Giratině znovu otevřít portál do skutečného světa.
Nyní se dostáváme k naším hrdinům. K Ashovi, Pikachu, Dawn a Brockovi. Brock zrovna dělá oběd, ale najednou se zde zjeví prašivý Shaymin, který jim všechno jídlo sní. Proti němu se ohrazuje Piplup, kterému se nelíbí, že snědl všechny lívance. Při této hádce Shaymin drcne do grilu, který se rozbije a vyvalí se z něj kouř. Shaymin jej pozře a vybuchne. Dawn Shaymina umyje a dozví se, že Shaymin umí mluvit.
Kamarádi se rozhodli, že odnesou Shaymina do Pokémonového střediska. Po ošetření jim Shaymin začal vyhubovat. Dawn mu dala zkusit její Puffin, ale Shaymin asi není zvyklý někomu děkovat. Vlastně by to mělo být ale právě naopak, protože právě Shaymin se nazývá jako vděčný pokémon. Za dveřmi pokémonového střediska je poslouchají Rakeťáci, kteří vyslechli rozhovor mezi Shayminem a ostatními přátely. Bavili se zrovna o tom, že Shaymin by se chtěl dostat do květinové zahrady, kde se změní v nebezkou formu Shaymina. Rakeťáci se rozhodnou Shaymina ukrást a dát jej jejich šéfovi, Giovannimu.
Shaymin použije fantazii a řekne že květinová zahrada je támhle. Při tom to ale slyší také Giratina, která už se vydývá Shayminovým směrem. Rakeťáci je během cesty ke květinové zahradě sledují a pak jim ukradou Shaymina. Daleko ale neutekli. Rakeťáky a potom také Ashe, Pikachu, Shaymina, Dawn a Piplupa přenesla Giratina portálem do jejího světa. Giratina byla na Shaymina rozzuřená, protože jí zamezil přístup do skutečného světa. V opačném světě narazí Ash a Dawn na profesora Newtona Gracelanda, který je zavede do bezpečí. Sám profesor studuje Opačný svět, aby se dostal blíže do povědomí Giratiny. Profesor jim vysvětluje, co to vlastně Giratina a Opačný svět je. Paralelní svět se nachází přímo naproti tomu skutečnému. Zdejší svět je celý pokřivený z důvodu nízké a nebo naopak silné gravitace. Tyto světy jsou sice blízko vedle sebe, ale ani kouskem se neprotínají a jedině Giratina dokáže mezi těmito světy přecházet, a kromě toho je Giratina jedinný pokémon žijící v tomto světě. Dá se proto říct, že je Giratina vládkyní tohoto světa.
Do Opačného světa se dostali také Rakeťáci a chtějí se z něj dostat také zpět! Profesor Newton Graceland se rozhodnul, že dostane naše hrdiny zpět do skutečného světa. Během toho jim také dále vysvětluje, jak je možné, že vznikly v Opačném světě různé kouřové mraky, které tento svět ničí a přeplňují. Jakákoliv změna v Opačném světe se projeví i ve skutečném světě. Při cestě zpět do skutečného světa narazí naši hrdinové zase na Giratinu, která jim cestu ještě víc zkomplikuje. Nakonec se dostávají k portálu na cestu ven. Všichni až na profesora a Rakeťáky opustí bezpečně tento svět.
Při opuštění Opačného světa na naše hrdiny zaútočí řada Magnemitů, Magnetonů a jeden Magnezone v čele se Zerem. Zero chce ukrást Shaymina i za cenu, že ho to bude něco stát. Ashovi a ostatním se před nimi podaří uniknout až do vlaku, kde je nadále nepronásledují. Ve vlaku se naši kamarádi seznámí s příjemnými lidmi. Tito lidé mají u sebe i květinu zvanou Graceedie, která promění Shaymina v jeho nebeskou formu. Během jejich cesty je opět napadne řada Magnemitů a Magnetonů. Pokémoni našich kamarádů si s nimi ale poradí a vydávají se dál na cestu lodí až ke květinové zahradě.
Zero mezitím střádá plány na chycení Giratiny. Během Ashovy cesty lodí se naši kamarádi dostanou do Opačného světa. Průzračná voda je totiž takové jedno velké zrcadlo, kterým Giratina vidí ven a kterým dokáže vytvážet portály tam a sem. Spolu s našimi přátely vkročí do světa Giratiny taky Zero, který ho chce získat pro sebe. Shaymin vyzve Giratinu k zápasu, ale během jeho bitvy se opět promění ve svou normální formu. Giratina se ale nevzdává a začne pronásledovat všechny. V tom se zjeví Profesor Newton, který je vyvede z problémů. Rakeťáci se behem pobytu v Opačném světě stali profesorovými učedníky. Poté se všichni kromě Rakeťáků dostanou do spárů Zera. Zero se snaží stát vládcem v Opačném světě a snaží se ho očistit od skutečného světa a to znamená, že skutečný svět přivede k zániku. Mračno, které znečišťuje Opačný svět přesunul k našim hrdinům a přidal k němu i Shaymina, který jej pak absorboval. Shaymin se tak moc bál Giratiny, že použil Semínkovou záři a tím vytvořil průchod do skutečného světa. Energie byla však tak velká, že to všechny vyhodilo do skutečného světa.
Giratina vstoupila do skutečného světa a proměnila se z letecké formy na svou pozemskou formu. Zero použil svůj přístroj a chytil pomocí něj Giratinu. Pomocí svého počítače si začíná skenovat Giratinu. Od profesora Newtona se naši hrdinové dozvěděli, že tento přístroj na převzení Giratininy moci vymyslel vlastně on. Jeho plán byl uskutečnitelný, ale pak si profesor uvědomil, že když bude mít Giratininy schopnosti, tak Giratina zemře. Projekt zruší a celý vymaže. Jenže Zero si je asi všechny zapamatoval a vytvořil jeho přesnou kopii.
Při vstupu do skutečného světa si naši hrdinové uvědomili, že jsou vlastně na květinové zahradě, kde měl Shaymin zamířeno. Shaymin se proměnil v nebeskou formu a společně s Ashem, Dawn a profesorem Newtonem jdou zastavit Zera v jeho hrozivém plánu. Profesor Newton se svým Shieldonem se vydává směrem k laboratoři Zera. Profesor se pouští do programování programu a v posledních procentech jej dokázal zastavit a zabránit tak v Zerově úmyslu stát se králem Opačného světa. Stroj, na kterém teď byli naši kamarádi, se stal neovladatelným a mířil k zemi velkou rychlostí. Newton a ostatní nasedli na kluzák a zachránili Giratinu i sebe. stroj se zřítil do údolí.
Giratina padla na zem a byla na pokraji svých sil. Shaymin použil svůj útok Aromaterapie, kterým i s ostatními pokémony, kteří se sem dostavili, uzdravili Giratinu. Jenže to není konec! Zero se objevil a dostal se zpět do Opačného světa. Mezi tím se Zerovi podařilo zničit několik pilířů, které podepírají ledovec. Ledovec se dal do pohybu a probudil Regigigase. Giratina a Ash s Pikachu a Shayminem se dostávají do blízkosti Zera a začnou na něj útočit. Zatímco se v Opačném světě bojuje, tak ve skutečném světě se odehrává bitva o život. Všichni pokémoni se snaží zastavit ledovec za každou cenu. Kdyby se jim to nepovedlo, tak zavalí celé údolí.
Mamoswinové a Regigigas se přiblíží k ledovci a začnou pomocí síly do něj tlačit. V Opačném světě se Ashovi a Giratině podaří zastavit Zera a vyhnat ho z Opačného světa pryč. Giratině se povede obnovvit rovnováhu obou světů a zastavit tak ledovec. Portálem pak vyjde Ash a Giratina. Rakeťáci se konečně taky dostali z Opačného světa a Regigigas jde opět odpočívat do své svatyně. Den poté se ráno naši hrdinové rozloučili se Shayminem a vydávají se na svá nová dobrodružství!